Laura CANTINIChercheuse CNRS à l' Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure (IBENS)
Laura Cantini est chargée de recherche CNRS à l'Institut de biologie de l'École normale supérieure (Ibens), dans l'équipe de Biologie computationnelle des systèmes (CSB). Elle développe des méthodes d'apprentissage automatique pour l'intégration de données génomiques fonctionnelles, y compris cellules-uniques. Elle collabore étroitement avec des expérimentalistes pour répondre à des questions biologiques spécifiques en appliquant les méthodes développées. Mathématicienne de formation, Laura a obtenu son doctorat en biologie des systèmes à l'université de Turin (Italie). Elle a ensuite effectué un post-doctorat dans le groupe de biologie des systèmes du cancer à l'Institut Curie (Paris). En 2018, grâce à une bourse L'Oréal-UNESCO pour les femmes et la science, ainsi qu’à une bourse EMBO, elle a rejoint le CSAIL au MIT (États-Unis). En 2020, elle est lauréate d'un financement ANR JCJC et d’un Sanofi iTechAwards, lui donnant ainsi la possibilité de démarrer ses propres projets de recherche.
Projet scMOmix
Les données cellules-uniques constituent une avancée majeure dans les sciences de la vie. Leur intégration nous permettra d'étudier des questions biologiques et médicales jusqu'ici inaccessibles. Cependant, il existe encore peu de méthodes pour intégrer les différents données omiques cellules-uniques (méthylation de l'ADN, protéome, accessibilité de la chromatine). L'intégration multi-omique cellules-uniques nécessite de nouveaux développements informatiques pour surmonter les nombreux défis intrinsèques à ce type de données et exploiter leur richesse. Notre objectif est de développer des approches basées sur la réduction de dimensionnalité et sur les réseaux (graphes) pour intégrer ces données. Les développements méthodologiques seront guidés par deux applications visant à évaluer l'hétérogénéité des sous-types de cancer colorectal, et à délimiter les marqueurs et les mécanismes de résistance pour le traitement du mélanome métastatique. Ces méthodes seront implémentées dans des logiciels libres. Notre projet interdisciplinaire impactera plusieurs domaines de recherche, depuis la biologie clinique à la médecine de précision, ainsi que tous les domaines biologiques tirant parti des profils multi-omiques.