Aleksandra WALCZAKBiophysique théorique
Aleksandra Walczak a obtenu son doctorat en physique à l'Université de Californie à San Diego, où elle a travaillé sur des modèles d'expression stochastique des gènes. Après une bourse d'études supérieures à l’Institut Kavli de physique théorique, elle a été boursière au Princeton Center for Theoretical Science, se concentrant sur l'application de la théorie de l'information au traitement du signal. Actuellement directrice de recherche au Laboratoire de physique de l'ENS (LPENS, CNRS/ENS-PSL/Sorbonne Université/Université de Paris), elle s'intéresse aux descriptions statistiques des répertoires immunitaires. Elle a reçu le Grand Prix Jacques Herbrand de l'Académie des sciences en 2014, la médaille de bronze du CNRS en 2015, l'American Physical Society Fellowship, le Prix Jean Ricard de la Société Française de Physique en 2021 et la médaille d'argent du CNRS en 2024. Elle a de l'expérience à la fois dans l'analyse de grands ensembles de données de répertoires à haut débit et dans le développement d'approches théoriques qui nous aident à comprendre la conception et le fonctionnement des répertoires immunitaires adaptatifs.
RESPOND : Computational scanning for responding clonotypes in immune repertoires
La médecine personnalisée promet d’exploiter la diversité des répertoires immunitaires humains pour concevoir des vaccins et des traitements ciblés à base de cellules T et B. Cependant, même pour la conception de vaccins de masse, l’identification de clonotypes1 répondant à de nouveaux virus est coûteuse, demande beaucoup de travail et de temps.
RESPOND transforme les solutions algorithmiques existantes pour identifier les clonotypes immunitaires répondants en une plaeforme conviviale afin de faciliter la découverte de médicaments et de produits thérapeutiques. RESPOND combine différentes solutions algorithmiques et trouve la meilleure approche informatique pour répondre aux besoins de l'utilisateur. Il s'appuie sur quatre méthodes développées lors du projet ERC CoG STRUGGLE : ALICE, NoiSET, fSTAR et HLA-Guessr. Ces méthodes se basent sur différentes propriétés des clonotypes répondants, allant de la similarité des séquences à l'abondance et au caractère public. L’idée de RESPOND est d’intégrer ces fonctionnalités dans un outil convivial qui exploite les atouts de toutes les méthodes pour trouver la meilleure réponse à la requête du praticien.
RESPOND fournira des listes de candidats pour les clonotypes répondants ainsi qu'une analyse statistique de leur occurrence dans les bases de données. RESPOND développera des solutions informatiques pour réduire les coûts de la découverte biotechnologique et diminuer considérablement le temps nécessaire pour tester de nouveaux vaccins et traitements.
- 1Un attribut ou une spécificité qui est unique à un clone particulier de cellules, en particulier la structure des récepteurs de surface d'une cellule T ou des anticorps sécrétés d'une cellule plasmatique.